Fundación realizada por las Monjas del Monasterio de Santa Fe de Bogotá, el 14 de Octubre de 1729 dedicándolo en un principio a San José y depués de la restauración a San José y Santa Teresa.

Fueron exclaustradas en 1863 estableciéndose en Ibarra (Ecuador). El 27 de julio de 1963, un grupo de ellas restauró la fundación payanesa.

En 1976 se instalaron en el monasterio actual, situado al norte de la ciudad y convertido en Santuario del Niño Jesús de Praga, donde se le rinde un culto ininterrumpido.

La Santa Sede decretó la fusión de los Monasterios de Popayán y de Buga, la cual se realizó el 16 de julio de 2004.